Eu não conheço seu registrador ch.qos.logback.core.FileAppender , mas você pode usar algumas variáveis para fazer login em uma pasta desejada, E.G .:
Para fazer login na raiz da sua pasta base do tomcat:
${catalina.base}/logs/myApp.log
ou na sua pasta de usuário /home/drjerry/ :
${user.dir}/logs/myApp.log