Meu servidor tem 000-default.conf com 0644 ( -rw-r--r-- ) permissões em sites-available e como um link simbólico lrwxrwxrwx em sites-enabled .
Você deve verificar as permissões do arquivo em /etc/apache2/sites-available para ter certeza de que é algo sensato (pelo menos não gravável pelo mundo) já que as permissões de link não importam (acessar o arquivo pelo link usa as permissões do arquivo de destino)