Meu servidor tem 000-default.conf
com 0644
( -rw-r--r--
) permissões em sites-available
e como um link simbólico lrwxrwxrwx
em sites-enabled
.
Você deve verificar as permissões do arquivo em /etc/apache2/sites-available
para ter certeza de que é algo sensato (pelo menos não gravável pelo mundo) já que as permissões de link não importam (acessar o arquivo pelo link usa as permissões do arquivo de destino)