Os avisos de "link danificado" não são perigosos. Eles aparecem porque você manualmente removeu a versão antiga do kernel que eles apontavam, então agora os links não têm mais nenhum alvo. Sua única finalidade é permitir que o sistema volte automaticamente para a versão anterior do kernel se a última atualização falhou ou não é compatível. Mas como os arquivos vinculados foram excluídos por seu autoremove, é certo que os links foram excluídos.
Quando você executar sudo update-grub
novamente, verá que não há mais nenhum aviso.
A mensagem do kernel não está relacionada e é outra pergunta completamente .