Isso não é possível com o verdadeiro ambiente Unity 3D. Unity é na verdade um plugin compiz rodando um kit de ferramentas Openbox chamado Nux, então tentar rodar Unity sem compiz é um exercício de futilidade. Você poderia verificar no Unity 2d, no entanto, que tem uma aparência semelhante, mas é um conjunto separado de pacotes não dependentes do Compiz.