Em relação ao Nautilus: Para deixar de perder tempo com a visualização indesejada e as ações de contagem de arquivos, acesse as preferências e a guia Visualizar e ajuste suas configurações para que correspondam a isso:
Em relação a alternativas:
Eu achei o PCManFM muito leve e rápido (mesmo em sistemas com pouca potência). PCManFM é o padrão para o desktop LXDE, que é popular para sistemas que não são tão robustos e podem ser uma boa escolha para sua situação. Você pode querer experimentá-lo. Existem vários gerenciadores de arquivos leves disponíveis para o Linux. O PCManFM é apenas um entre muitos.
Algumas outras boas escolhas são:
Gerenciador de arquivos do Gentoo, ROX-Filer e Xfe
Esta não é de forma alguma uma lista exaustiva, mas apenas uma pequena amostra do que eu encontrei.
Fonte: link