A maneira mais fácil de instalar o Evernote é instalar o PlayOnLinux primeiro, depois baixar o executável do Evernote, abrir o PlayOnLinux e instalar o Evernote como um "outro aplicativo".
No entanto, ultimamente, o Evernote no Wine tem reclamado que não pode alcançar o servidor. Isso deve ser devido à falta de suporte do TLS. O PlayOnLinux pode corrigir isso, mas não tenho certeza disso.