Acabei de ter o problema ocorrido no Ubuntu Mate 15.04. Esta é uma maneira simples que encontrei de corrigi-lo (para novos usuários como eu).
- Quando a janela Tilda 1 Config aparecer, vá para a guia Keybindings.
- Clique em "Menu suspenso" no canto superior esquerdo da janela. Um novo diálogo será aberto com um lugar para clicar em "Fechar": ignore isso.
- Pressione a tecla que você deseja atribuir ao terminal da Tilda. Eu usei F12 para isso.
- Clique em "Fechar".
Como Christian afirmou, você também pode removê-lo do Startup, o que eu também fiz.