O problema parecia ser uma interação infeliz entre o kmail e o Dropbox em relação à diferenciação de maiúsculas e minúsculas. Eu finalmente descobri uma string que apareceu apenas em uma das mensagens que faltavam, e então fiz uma busca por ela. Isso me levou a uma pasta "Conflito de Caso" do Dropbox, e todas as mensagens que faltavam estavam nessa pasta.