Suas partições do Ubuntu são montadas no começo. É por isso que eles não são mostrados como "discos" separados no gerenciador de arquivos.
Você pode ver todos esses arquivos e diretórios do sistema se clicar em "Computador" no gerenciador de arquivos.
Na maioria dos casos, você não precisa fazer nada com arquivos do sistema.
Todos os seus arquivos estão na sua pasta pessoal.