O Plex pode usar seu computador local como um servidor de mídia. Seus detalhes parecem que você já está executando o Plex no Windows, que está servindo a mídia a partir das unidades conectadas.
Você pode fazer o mesmo se instalar o Plex no Ubuntu. Ubuntu será o seu servidor. Os dispositivos desconhecem o sistema operacional do servidor. Apenas recebe os fluxos de mídia do servidor.
Você pode montar suas unidades de mídia NTFS no Ubuntu e executar o servidor Plex no Ubuntu, não diferente da maneira que você está atualmente executando no Windows.