Mesmo problema usando o Ubuntu Backup. Eu acho que é devido ao fato de que você não executou o programa como o usuário root.
Na linha de comando, digite:
gksu deja-dup --restore
Lembrar gksu
é importante. Ele traz a caixa de diálogo de restauração da GUI e, em seguida, você pode restaurar todos os arquivos.
Veja mais aqui: Como eu abro o Deja Dup como root?