O Skype não oferece essas personalizações. Você pode controlar algo como o brilho no monitor ou via software. Eu sugeriria tentar qualquer um desses aplicativos de terceiros para controlar o brilho geral da tela. Isso afeta a iluminação do Skype como qualquer outro aplicativo:
sudo add-apt-repository ppa:jonls/redshift-ppa
sudo apt-get update
sudo apt-get install redshift
Eu usei este e é bastante simples de executar e fechar. Desta forma, pode ser dinamicamente personalizado. Deve lhe dar maior controle e não requer uma mudança de tema.