Você executou firefox e thunderbird como root ou via sudo . Esta é uma má ideia, por muitas razões. Uma é que quaisquer arquivos (incluindo arquivos de configuração) salvos serão de propriedade de root . Outra razão é que executá-los como root torna-os ferramentas muito poderosas de tiro com os pés.
Para reparar, altere a propriedade dos diretórios e seu conteúdo com (leia man sudo;man chown; man id first):
sudo chown -R $(id-u):$(id -g) ${HOME}/.gnome2
Para encontrar os outros arquivos e diretórios em $HOME que pertencem a root , você pode fazer:
sudo find ${HOME} -user root -ls
Para localizar arquivos que $ USER não tem permissão para acessar:
sudo find $HOME \! -readable -ls