Eu tive que excluir ~/.config/dconf/user
enquanto estava desconectado (em outras palavras, de um terminal virtual) para recuperar minhas configurações. Não é uma correção perfeita, e significa que algumas outras coisas foram restauradas, é claro, mas era a única maneira de fazer com que o dconf fosse reinicializado sem restaurar no logout.
Veja aqui .