De acordo com o doc syncevolution, a localização dos certificados usado para autenticar o servidor é configurável através da propriedade de configuração 'SSLServerCertificates'.
Esta propriedade é definida pelos arquivos 'config.ini' no diretório inicial:
phablet@ubuntu-phablet:~$ grep -rIn SSLServerCertificates .config/syncevolution/
.config/syncevolution/default/peers/google-calendar-2/config.ini:# SSLServerCertificates = /etc/ssl/certs/ca-certificates.crt:/etc/pki/tls/certs/ca-bundle.crt:/usr/share/ssl/certs/ca-bundle.crt
.config/syncevolution/default/peers/google-contacts-2/config.ini:# SSLServerCertificates = /etc/ssl/certs/ca-certificates.crt:/etc/pki/tls/certs/ca-bundle.crt:/usr/share/ssl/certs/ca-bundle.crt
.config/syncevolution/google-calendar-2/peers/target-config/config.ini:# SSLServerCertificates = /etc/ssl/certs/ca-certificates.crt:/etc/pki/tls/certs/ca-bundle.crt:/usr/share/ssl/certs/ca-bundle.crt
.config/syncevolution/google-contacts-2/peers/target-config/config.ini:# SSLServerCertificates = /etc/ssl/certs/ca-certificates.crt:/etc/pki/tls/certs/ca-bundle.crt:/usr/share/ssl/certs/ca-bundle.crt
Assim, você pode adicionar ou editar essas configurações para apontar adicionalmente para alguns .crt no diretório home (que é gravável).