Abra o seu terminal ou faça o login em tty2 (pressionando Ctrl + Alt + F2 ) e vá para a pasta home usando o comando cd ~
.
Exclua arquivos com o comando rm
como mostrado abaixo. Saia de tty2 pressionando Ctrl + Alt + F7 e faça o login novamente. Isso deve resolver o problema da área de trabalho quando você relogar, já que esses arquivos serão recriados com a nova configuração.
rm -rf .compiz .config .gconf .gnome .gnome2 .kde .gvfs .local