Eu encontrei uma maneira de automatizar isso. O problema era que gvfs-mount -l ainda mostrava uma montagem ( afc://<iPhone_serial_number>/ ) mesmo depois de o iPhone ter sido desconectado. Foi essa montagem que acionou a mensagem Não é possível montar o iPhone quando o iPhone foi conectado novamente. Essa montagem foi fornecida pelo backend gvfsd-afc gvfs. Matar gvfsd-afc remove a montagem.
Para que udev faça isso automaticamente quando o iPhone estiver desconectado, crie um arquivo /etc/udev/rules.d/99-iphone-umount.rules e adicione o seguinte:
SUBSYSTEM=="usb", ACTION=="remove", ENV{ID_MODEL}=="iPhone", RUN+="/usr/bin/killall -s SIGINT /usr/lib/gvfs/gvfsd-afc"
Em seguida, execute sudo udevadm control --reload-rules para obter o udev para carregar a nova regra.