A maneira que eu sempre instalei o Guest Additions é através do próprio VirtualBox. Uma vez inicializado no Ubuntu, no menu VirtualBox Devices, selecione a imagem do CD Insert Guest Additions. Você deve encontrar uma caixa pop-up informando que há software executável no CD - clique em Executar para iniciar o processo.
Se a caixa pop-up não aparecer, clique no ícone do CD dentro do Unity para abrir a unidade e depois clique no botão Run Software que aparece no canto superior direito da janela.
Boa sorte:)