O que eu faria é tentar formatar o HDD lançando o Ubuntu de um live CD / USB e rodar o Gparted (deve ser, mas se não estiver disponível no live o ambiente basta instalar o sudo apt-get install gparted):
- Quando estiver lá, verifique se o disco não está montado (caso contrário, não é possível formatá-lo) e selecione o disco rígido
- Alternar dispositivo / Criar tabela de partições e criar uma nova tabela de msdos (ou qualquer que seja o seu sabor)
- Formate o disco
- Instalar o Ubuntu
Não tenho certeza se isso funcionará ou se o seu HDD é o problema, você deve tentar executar um memcheck também ou se você tiver a possibilidade de verificar com outro HDD também.
A.