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Se você puder obter um Live CD / Live USB para a versão do Ubuntu em execução, inicialize-o e selecione a opção "Atualizar arquivos do sistema". Isso pode redefinir algumas outras alterações feitas nos arquivos do sistema.
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Para mim, o problema desapareceu quando eu
do-release-upgrade
d esse sistema de 15.10 para 16.04 - provavelmente porque a infra-estruturapolkit
mudou e a configuração causou os problemas.
Infelizmente, não conheço outra maneira de corrigir isso sem o Live Media ou esperar por uma alteração de versão.