O Curl (e alguns outros utilitários de linha de comando) usam variáveis de ambiente para obter suas configurações de proxy para que você apenas execute:
http_proxy=http://123.123.123.123:80/ curl http://ifconfig.me
Mas whois
(o protocolo inteiro, não apenas o comando) não funciona sobre HTTP; é o seu próprio protocolo em execução na porta 43. Você não pode facilmente procurá-lo com um proxy HTTP padrão.
Se você quiser fazer proxy de outros protocolos, precisará procurar uma VPN adequada ou algo baseado em SOCKS como proxychains
.