Eu solucionei a barra de rolagem inexistente no Google Chrome instalando a extensão "Tema da barra de rolagem do Clearlook" . Como o Google Chrome é meu navegador, isso resolve o problema da Web. Consegui consertar as coisas com o Gnome Terminal e o Gedit, editando alguns arquivos do sistema, mas não considero isso como uma solução para o problema, já que essas correções serão eliminadas pelas atualizações.
Para os meus outros aplicativos gnome eu usei o conselho dado aqui para instalar o addon gnome-color-chooser. Eu também editei o arquivo "/usr/share/themes/Ambiance/gtk-3.0/gtk-widgets.css" ao redor da linha 1500, mas eu realmente não acho que isso resolve o problema.