Foi confirmado que este é um bug na versão atual (a partir de janeiro de 2015) do MySQL Workbench, então não há nada a fazer senão aguardar uma correção de bug.
Eu fiz uma alteração simples em uma das conexões salvas no MySQL Workbench e, de repente, o menu do programa foi corrompido. Ele mostra um conjunto de itens de menu para o programa e um conjunto para cada guia aberta, em vez de alternar o conjunto de itens com base na guia aberta.
O que eu tentei:
Nenhum dos dois ajudou, então estou bastante intrigado. Parece que o problema não está apenas na parte do MySQL Workbench, mas possivelmente tem algo a ver com ... o gerenciador de janelas?
Q1: O problema pode estar relacionado ao gerenciador de janelas ou sistema operacional?
Q2: Existe alguma coisa que possa ser desmarcada / verificada / atualizada / o que for em relação aos menus do programa?
O que você pode fazer enquanto isso é desabilitar o sistema de menu global como descrito aqui: Como habilitar ou desabilitar o menu global de aplicativos?
Você basicamente remove o pacote indicador-appmenu com o seguinte comando:
sudo apt-get remove indicator-appmenu
Isso fará com que os menus apareçam em sua própria barra de menus tradicional para todos aplicativos. Alguns aplicativos do Ubuntu não funcionam bem com essa configuração, por isso não é uma solução à prova de balas.