Você pode tentar:
sudo apt-get install packagekit-gtk3-module
Isso foi consertado para mim no servidor Ubuntu 14.04.
Quando estou entrando via SSH no servidor Ubuntu 12.04 a partir da máquina CentOS e executando o editor gvim, estou recebendo o erro:
Gtk-Message: Failed to load module "pk-gtk-module" .
Se eu estou fazendo SSH a partir da máquina Ubuntu, então não está dando erro algum.
Você pode tentar:
sudo apt-get install packagekit-gtk3-module
Isso foi consertado para mim no servidor Ubuntu 14.04.