A suspensão para um HDD externo sempre funciona porque o HDD está disponível ao suspender. A retomada depende do seu BIOS para "acordar" os dispositivos na ordem correta, então a única opção que você tem é atualizar seu BIOS ou desligar a suspensão.
Eu me livrei disso instalando a proteção de tela X e desligando a suspensão nas configurações do sistema, como nesta resposta: 12.04-Laptop congela toda vez que eu fecho minha tampa