Em geral, não é uma boa idéia compartilhar o aplicativo de um sabor do Linux para outro.
Mesmo que os dois tipos sejam baseados no Ubuntu, não podemos confiar em todas as bibliotecas compartilhadas que estão sendo instaladas, ou ter a versão necessária para um determinado aplicativo. Pode funcionar bem, mas no caso de haver problemas, estamos diante de uma situação confusa e difícil de depurar.
Além disso, a maioria dos aplicativos depende muito de bibliotecas que já foram instaladas pela distribuição. O benefício do compartilhamento de binários do aplicativo seria mínimo.
Apenas raramente um binário auto-contido compilado para a mesma arquitetura pode ser compartilhado com sucesso (isso pode ser, por exemplo, o caso de software proprietário ou alguns jogos).
Mesmo o compartilhamento das configurações do aplicativo em nosso HOME pode causar problemas se as distribuições vierem com diferentes versões de aplicativos que podem ter um formato de configurações diferente.
O aplicativo Virtual Box não deve ser compartilhado entre distribuições, pois depende de pelo menos um módulo do kernel carregado na inicialização. Mas é claro que você pode compartilhar facilmente as máquinas virtuais sem problemas, desde que elas sejam acessíveis e registradas na instalação correspondente do Virtual Box.