Descobriu-se que isso era um erro na configuração do MySQL. A variável open_files_limit estava na seção errada de /etc/mysql/my.cnf e não carregava.
Temos tido alguns problemas com um servidor com atualizações automáticas ativadas. Esta segunda-feira passada, parece que um novo kernel foi instalado, e depois de reiniciar o nosso servidor MySQL começou a se comportar como se seu limite de arquivos tivesse sido excedido. Eu verifico a saída ulimit -n do usuário mysql, e com certeza ela está configurada para 1024.
Eu tento mudar isso em /etc/security/limits.conf da seguinte forma:
mysql soft nofile 20000
mysql hard nofile 25000
quando tento verificar o ulimit do usuário novamente, ele ainda está definido como 1024. A reinicialização também não teve efeito algum. É como se este arquivo não estivesse sendo lido.
Além disso, configurar o ulimit manualmente funciona.
A versão do kernel é 3.13.0-37-generic
Descobriu-se que isso era um erro na configuração do MySQL. A variável open_files_limit estava na seção errada de /etc/mysql/my.cnf e não carregava.