Você pode executar o comando java
em gnome-terminal
desta maneira:
gnome-terminal -x bash -c "java -version; bash"
Ou para dar o seu exemplo:
gnome-terminal -x bash -c "java -jar example.jar; bash"
Você pode até especificar onde executar seu comando:
gnome-terminal --working-directory=WORKING_DIR -x bash -c "java -jar example.jar; bash"
Executando um comando bash
após o java
one permitir que o gnome-terminal permaneça aberto mesmo após o comando estar completo.