De acordo com o Histórico de publicação do Launchpad do Owncloud , ele foi removido dos repositórios devido a relatório de bug # 1384355 por solicitação de seus autores upstream por causa de uma grave vulnerabilidade de segurança. Posteriormente, uma versão com correções backported foi publicada para Trusty 12h atrás, mas não (ainda) para Utopic por algum motivo.
Eu recomendo que você baixe e instale os pacotes para o Trusty manualmente até que o problema seja resolvido. Considere arquivar um relatório de bug, se o pacote não reaparecer nos repositórios Utopic em breve.
Você pode tentar apt-mark manual PACKAGE...
(consulte página de manual ) para sinalizar algumas dependências do Owncloud como instaladas manualmente para removê-las do conjunto de pacotes que o apt-get autoremove
removeria.