Para o faturamento / tempo, você pode querer olhar para Cafepilot . É grátis um software de código aberto. Atualmente, é destinado a pessoas que pagam pelo seu uso, mas você pode dar ingressos para as pessoas usá-las (o CP acha que elas valem dinheiro, mas você as distribuir de graça).
Para monitoramento, controle remoto e atualização, confira a ferramenta Landscape da Canonical . Atualmente é muito caro, mas pode justificar-se ... Você está sempre livre para pechinchar com a Canonical, porque sua situação é um pouco diferente do conceito padrão de "assento" corporativo.
Caso contrário, você pode conectar ferramentas como Munin ou Cacti com o Puppet . O Puppet é gratuito e está nos repositórios, mas você provavelmente quer ver a documentação em seu site principal. Observe que há também uma versão "Enterprise" paga do Puppet que possui um conjunto de recursos ligeiramente aumentado.