Poderia ser uma fonte real que ficou ruim, talvez dar uma olhada nessa fonte com algo como gnome-font-viewer
para verificar, possivelmente reisntall a fonte?
Mas, isso é quase exatamente o que costumava acontecer quando eu rodava versões earler do gnome3 (eu acho que ainda é a base para o Unity), apenas ele tinha mais cartas completamente apagadas e alguns outros erros gráficos aqui & amp; lá. Alguns programas pareceriam normais, no entanto. Versões atualizadas mais tarde do gnome3 foram corrigidas.
Estou suspeitando que houve uma atualização que está causando esse problema agora. Existe uma maneira de "reverter" as atualizações recentes (talvez de antes da última reinicialização, caso ele pudesse ter sido atualizado, mas não mostrou nenhum erro até depois disso? uma reinicialização?) e ver se o problema desaparece? Ou, primeiro, pode também verificar se há novas atualizações que possam consertá-lo?
E tentar um gerenciador de janelas diferente pode ser uma solução alternativa em potencial e pode verificar se é um problema de exibição do WM (gnome3-ish) pelo menos. Openbox é bem pequeno, ou possivelmente xfce4 ou icewm, jwm. lxde se você já gosta de pcmanfm, (mas eu não vejo o gerenciador de janelas lxde por conta própria).