Se você quiser instalar um arquivo .deb, você pode usar:
dpkg -i file.deb
Mas dpkg não resolve as dependências, sugiro que você instale a partir de gdebi :
gdebi file.deb
Meu problema é que não consigo encontrar o synaptic quando clico em mais programas como configurar os arquivos .deb para serem executados com o synaptic?
A maneira mais simples de alterar os aplicativos padrão de qualquer arquivo é usar o Gerenciador de Arquivos Thunar . Abra a pasta relacionada, clique com o botão direito e escolha abrir com, selecione Synaptic e clique em set como padrão.
Eu tive o mesmo problema e só Thunar pode resolver este caso facilmente.