Verifique seus buffer_sizes, suponho que você esteja usando innodb,
defina o innodb_buffer_pool_size
para um valor menor que o atual.
O número de conexões também pode fazer uso de memória grande, então defina seu valor de max_connections
o mais baixo possível
verifique se você fechou todas as conexões abertas em seu aplicativo depois que elas realizaram o trabalho.
Se houver consultas longas, isso afetará o desempenho também. Você precisa verificar o log de consultas lentas para encontrar essas consultas.
Verifique por SHOW FULL PROCESSLIST
, que mostra as consultas que estão em execução e aguardando alguns outros recursos. Você pode refinar essas consultas para concluí-las rapidamente.