você pode usar find
para o seu propósito. Veja man find
para mais.
Digamos que você tenha um diretório 'mydir' no qual há vários diretórios e subdiretórios que contêm uma pasta oculta, digamos '.src'. Também o diretório 'mydir' em si tem o diretório '.src'.
mydir
├── a
│ └── .src
├── b
│ ├── j
│ │ └── .src
│ ├── k
│ │ └── .src
│ └── .src
├── c
│ └── .src
├── d
│ └── .src
├── e
│ └── .src
└── .src
Para remover todas as pastas, nomeie .src
, abra um terminal e vá para 'mydir' e use o seguinte comando,
find . -iname '.src' -type d -exec rm -r {} \;