Use aptitude em vez de apt-get . Aptidão, ao contrário de dpkg e apt-get , continua ignorando os erros. Ainda os imprime, mas continua.
Eu faço isso o tempo todo para reinstalar o Ubuntu.
O comando a usar seria:
sudo aptitude update && cat pkglist | xargs sudo aptitude install
Tudo o que você precisa fazer é substituir cat pkglist pelo comando wget .