Sim.
Poderia usar criptografia de todo o disco, como LUKS / dm-crypt / cryptsetup, ou criptografia de arquivo / pasta (como pasta base) com eCryptfs ou EncFS. Veja suas páginas de manual para mais informações.
Aqui está uma excelente visão geral / guia do Arch, tenho 98% de certeza de que as ferramentas estão disponíveis no Ubuntu / Debian também: link
Aqui estão algumas outras questões relacionadas. Parece que habilitar a criptografia de todo o disco dm-crypt após a instalação é, no mínimo, muito difícil, aparentemente é mais fácil fazer uma nova instalação com criptografia completa de disco