Eu tive que adicionar as linhas clear e add para fazer alterações nas teclas modificadoras.
Isso é o que estou usando agora:
clear control
clear mod4
keycode 37 = Super_L NoSymbol Super_L
keycode 133 = Control_L NoSymbol Control_L
add control = Control_L Control_R
add mod4 = Super_L Super_R
Basta colocar essas linhas em um arquivo chamado .Xmodmap e no seu .xinitrc :
xmodmap $HOME/.Xmodmap
Se você não tiver um .xinitrc no seu diretório inicial, basta criar um.