Identificar a causa raiz do problema exigiria saber que tipo de pacotes / aplicativos / serviços instalados podem sobrescrever essa configuração.
Você pode criar um atalho de teclado para reativar rapidamente o Autohide com o seguinte comando:
dconf write /org/compiz/profiles/unity/plugins/unityshell/launcher-hide-mode 1
Para identificar o aplicativo culpado, você pode usar o seguinte comando em um terminal:
dconf watch /org/compiz/profiles/unity/plugins/unityshell/launcher-hide-mode
e use o System Monitor para listar os aplicativos / serviços em execução.