Aqui está uma solução para o ISE 13.4. Acabei de alterar o parâmetro 'Exec' do arquivo da área de trabalho.
Exec = '/ home / usuário / Xilinx / 13.4 / ISE_DS / ISE / bin / lin64 / ise'
Para poder executar o ISE, devemos definir as variáveis de ambiente executando primeiro source settings(32/64).sh
na pasta ISE_DS.
Parece funcionar bem.