Este é um bug conhecido que ainda precisa ser corrigido. Você pode ver o relatório de erros aqui . Uma solução é passar o mouse sobre o ícone do nautilus e usar a roda de rolagem do mouse. Ou Alt + Tab também deve funcionar.
Eu tenho uma janela do gerenciador de arquivos já aberta, e quando eu clico no botão de ícone no painel lateral para ver essa janela, outra instância do gerenciador de arquivos é aberta.
Este é o comportamento esperado?