O problema provavelmente está em um dos dois lugares
Resolução sugerida não solicitada por importância
- O gerenciador de janelas (compiz)
- O tempo de execução Java
O gerenciador de janelas pode estar causando dificuldades, é fácil substituí-lo.
O Ubuntu não está mais instalando o Oracle Java por padrão devido ao licenciamento problemas. É concebível que a versão opensource tenha um bug Java resultante nesta questão de foco da janela. Determine qual versão do Oracle Java você precisa ( não instale v7 a menos que seja necessário) e tente novamente. Como o Oracle Java não é suportado, eu não quero citar outras referências de instalação, pois não sei o quão bem elas funcionam ou mesmo se eles estiverem seguros.
Finalmente, o apoio da Wolfram é incrível, se você pagou por MM, você deve conseguir uma resposta em um dia ou dois. Lembro-me de estar em seu programa beta para o MM 4.0, eles se esqueceram de vincular estaticamente motivo para a compilação e a única razão que funcionou no meu sistema (bem sorta funcionou) foi porque eu tinha lesstif instalado. Eles mudaram a correção em cerca de dois dias.