Existe um bug em font-config
Basta remover o pacote fonts-texgyre
sudo apt-get remove fonts-texgyre
(fonte: link )
Ao compilar um documento em latex, as ligaduras (o conjunto "fi" por exemplo) não aparecem quando se olha para o arquivo pdf no evince.
Depois de dar uma olhada, encontrei a resposta, mas vou postar abaixo para o benefício dos outros.