Meu pensamento é que ele está apenas procurando automaticamente no disco do Windows por um sistema operacional, pois ele está configurado para inicializar a partir dele por padrão. O que você provavelmente precisa fazer para evitar entrar na complexidade do carregamento da corrente é pressionar f12 (ou o que quer que seja no seu computador para alterar os dispositivos de inicialização) e selecionar o nome do disco rígido do ubuntu quando quiser inicializá-lo.