Um aplicativo gtk define o que deve estar nos menus no topo de sua janela e especifica quais funções devem ser executadas quando cada uma é selecionada. O kit de ferramentas implementa essas instruções usando o X. Esse é o design do gtk (e de outros kits de ferramentas).
Se você está se perguntando sobre a barra de ferramentas que aparece na parte superior da tela e não na parte superior da janela do aplicativo, o aplicativo tem o mesmo design, mas uma pequena alteração foi feita no gtk para interceptar o desenho do aplicativo. menus, e as instruções de desenho são retransmitidas através da sessão dbus para Unity, que lida com o desenho e sinalização associados a esses menus. Se bem me lembro, há uma variável de ambiente que você pode definir para desabilitar esse comportamento.