Os caminhos de arquivo marcados para cópia no Nautilus são automaticamente passados para a área de transferência. Você deve conseguir colar os caminhos em um editor de texto de sua escolha sem nenhum problema.
Se você quiser processar os arquivos em uma janela de terminal, terá que selecionar Colar nomes de arquivos no menu de contexto do botão direito do mouse.
Outra maneira de passar caminhos de arquivos como argumentos do Nautilus é simplesmente arrastar e soltar os itens selecionados no terminal. Os caminhos serão automaticamente citados e escapados corretamente.
No que diz respeito a scripts: Utilitários como xsel (instalar com: sudo apt-get install xsel ) permitem que você analise programaticamente o conteúdo da área de transferência, se é isso que você está pedindo. Para obter o conteúdo da área de transferência, você pode usar xsel -b , por exemplo:
for i in "$(xsel -b)"; do
echo "$i"
done