A sintaxe . só pode ser usada para executar scripts de shell (por "sourcing").
Você precisará usar o comando java para executar um arquivo .jar :
java -jar Minecraft.jar
Se você não tiver o java instalado, poderá consertar isso instalando o pacote default-jre ¹. Você pode ver se já tem o java instalado executando em um terminal:
java -version
[1]: Isso instalará o tempo de execução Java openjdk padrão. Você pode usar openjdk-8-jre , ou openjdk-7-jre , ou openjdk-6-jre , se preferir - o que estiver disponível na sua versão do Ubuntu.