Você pode usar sed :
[romano:~/tmp] % echo test >! test.c
[romano:~/tmp] % sed -i -e "1i #include" test.c
[romano:~/tmp] % cat test.c
#include
test
... apenas cuide da cotação correta.
Mais detalhado: sed -i significa editar o arquivo (o último argumento) no lugar; o comando "NiSomething" i nsert Algo na linha N .
PD isso funciona no Linux e (GNU sed) 4.2.2 --- POSIX sed requer uma sintaxe mais estrita .