Eu tive um problema semelhante, mas com a versão 2.4.8, encontrei esta solução:
"Então, para encontrar todas as bibliotecas OpenCV 1
$> sudo find / -name "*opencv*" -exec rm -i {} \;
O comando acima encontrará qualquer arquivo que contenha opencv no nome e solicitará que você o remova. Como sempre, tenha cuidado ao excluir as coisas manualmente! Isso levará muito tempo. Em seguida eu descubro que desde que eu instalei a partir da compilação opencv da fonte e usado
make install
para criar o manifesto de instalação, e então eu sou bem simples de usar
make uninstall
Sim, com certeza ele se limpará. Agora eu tenho um sistema limpo para instalar o lançamento opencv lates. "
Funciona para mim.