Eu tive esse problema com ambos pm-suspender e fechar a tampa - exceto no meu caso o despertar aconteceria 50-90 segundos após a suspensão. Apenas o tempo suficiente para eu ter colocado o laptop na minha bolsa, onde ele não tem chance de se resfriar.
Após várias pesquisas, e até mesmo escrevendo um programa que invocaria "pm-suspend" quando a tampa estava fechada, descobri que algo diferente da tampa poderia acordar a máquina:
root@host:~# cat /proc/acpi/wakeup
Device S-state Status Sysfs node
P0P2 S3 *disabled pci:0000:00:01.0
PEG1 S3 *disabled
EC S3 *disabled
GMUX S3 *disabled pnp:00:07
HDEF S3 *disabled pci:0000:00:1b.0
RP03 S4 *disabled pci:0000:00:1c.2
ARPT S4 *disabled pci:0000:02:00.0
RP04 S4 *disabled pci:0000:00:1c.3
RP05 S3 *disabled pci:0000:00:1c.4
XHC1 S3 *enabled pci:0000:00:14.0
ADP1 S3 *disabled
LID0 S3 *enabled
root@host:~# echo "XHC1" > /proc/acpi/wakeup
root@host:~# cat /proc/acpi/wakeup
Device S-state Status Sysfs node
P0P2 S3 *disabled pci:0000:00:01.0
PEG1 S3 *disabled
EC S3 *disabled
GMUX S3 *disabled pnp:00:07
HDEF S3 *disabled pci:0000:00:1b.0
RP03 S4 *disabled pci:0000:00:1c.2
ARPT S4 *disabled pci:0000:02:00.0
RP04 S4 *disabled pci:0000:00:1c.3
RP05 S3 *disabled pci:0000:00:1c.4
XHC1 S3 *disabled pci:0000:00:14.0
ADP1 S3 *disabled
LID0 S3 *enabled
root@host:~#
Depois disso, o pm-suspend funcionou (não acordou de novo depois de alguns minutos) e a tampa também.
Desde que o despertar aconteceu apenas alguns segundos após a luz do teclado (é um macbook pro) ter saído - eu assumo que o culpado "XHC1" deve ser o teclado - o que também explica que se eu suspender com o pm- suspender eu não posso acordá-lo, pressionando as teclas normais, apenas o botão de energia.