Tente isto:
- Sair do Skype
- Afaste a pasta
~/.Skype
- Inicie o Skype sem o histórico anterior.
Isso funcionou para mim, pelo menos primeiro. No entanto, o problema com o desaparecido Recent chats voltou, então tive que refazer o que foi dito acima ...
Parece um bug no novo cliente skype.